Μια ιδιαίτερα προβληματική πτυχή της ελληνοτουρκικής διένεξης στο Αιγαίο είναι η τουρκική αμφισβήτηση, από τα μέσα της δεκαετίας του 1990, της ελληνικής κυριαρχίας επί ορισμένων νησιών, νησίδων και βράχων. Η αμφισβήτηση αυτή διευρύνθηκε πρόσφατα συμπεριλαμβάνοντας και μεγάλα νησιά του ανατολικού Αιγαίου. Η Άγκυρα θεωρεί την ύπαρξη στρατιωτικών εγκαταστάσεων σε αυτά παράνομη και τη στρατικοποίησή τους μονομερή κίνηση της Αθήνας, η οποία θέτει υπό αίρεση την ελληνική κυριαρχία επ’ αυτών.

Σε πολλές δημόσιες δηλώσεις τους, Τούρκοι αξιωματούχοι και πολιτικοί, προερχόμενοι από το σύνολο του πολιτικού φάσματος, έχουν δηλώσει ότι οι προβλέψεις αποστρατικοποίησης παραμένουν σε ισχύ και ότι η Ελλάδα, εφόσον διατηρεί στρατεύματα στα νησιά της, παραβιάζει τις διεθνείς συνθήκες. Η Τουρκία ισχυρίζεται ότι η στρατικοποίηση των νησιών αφενός απειλεί την ασφάλειά της αφετέρου υποσκάπτει την ελληνική κυριαρχία επί των νησιών αυτών, η οποία παραχωρήθηκε στην Ελλάδα υπό τον όρο της αποστρατικοποίησής τους βάσει της Συνθήκης της Λωζάνης του 1923.

Όπως έχει εύστοχα επισημανθεί, η νομική έννοια της υφαλοκρηπίδας εξομοιώθηκε με τη γεωλογική ή γεωμορφολογική έννοια του όρου, καθώς το δικαίωμα στη νομική υφαλοκρηπίδα εκπορευόταν από ένα φυσικό γεγονός. Δόθηκε συνεπώς η εντύπωση ότι η οριοθέτηση, αντί να συνιστά πράξη εφαρμογής του νόμου στα γεγονότα, συνιστούσε εφαρμογή των γεγονότων για τον σκοπό της χάραξης ενός φυσικού συνόρου.

Ανακεφαλαιώνοντας αυτές τις υποθέσεις, θα αναρωτιόταν ίσως κανείς πώς εξηγείται η πεισματική άρνηση της Τουρκίας να αποδεχτεί τη δικαιοδοσία ενός διεθνούς δικαστηρίου ή διαιτητικού οργάνου, δεδομένου του σημαντικού αριθμού δικαστικών αποφάσεων για την επήρεια των νησιών στην οριοθέτηση της υφαλοκρηπίδας οι οποίες δικαιώνουν ορισμένες από τις τουρκικές θέσεις. Φαίνεται ότι το ζήτημα της υφαλοκρηπίδας είναι τόσο ζωτικής σημασίας για την Τουρκία, που η Άγκυρα δεν θέλει να εναποθέσει την ευθύνη για την επίλυσή του σε τρίτους, ακόμη κι αν πρόκειται κατά τεκμήριο για δικαστές των ίσων αποστάσεων.

Το τέλος του Ψυχρού Πολέμου έφερε την Τουρκία σε μια απροσδόκητη γεωπολιτική θέση. Η χώρα απώλεσε μεν την υψηλή στρατηγική σημασία του μεθόριου κράτους-προπυργίου έναντι του κομμουνιστικού μπλοκ, όμως το γεγονός ότι βρέθηκε την ίδια περίοδο στο επίκεντρο πολεμικών συρράξεων στη γειτονιά της –δηλαδή στη Βαλκανική Χερσόνησο και στη Μέση Ανατολή– αναβάθμισε τη γεωστρατηγική της αξία για το ΝΑΤΟ και τη Δύση. Παράλληλα, μια σειρά εξελίξεων που μετέβαλαν τον παγκόσμιο ενεργειακό χάρτη αναβάθμισε περαιτέρω τη γεωοικονομική της σημασία, καθώς από το έδαφος της Τουρκίας διέρχονται σημαντικές οδεύσεις μεταφοράς ενέργειας τόσο στον άξονα βορρά-νότου όσο και σε αυτόν ανατολής-δύσης.

Η ιδέα ότι η Τουρκία θα αναδεικνυόταν σε περιφερειακό μοντέλο ενός «μετριοπαθούς» μουσουλμανικού κράτους, το οποίο θα ενέτασσε ομαλά το Ισλάμ στη δημοκρατία, γνώρισε τεράστια απήχηση τόσο στον αραβικό κόσμο όσο και στη Δύση, επιτρέποντας στην Τουρκία να εξελιχθεί σε πρότυπο και ηγέτιδα δύναμη στο πλαίσιο της παγκόσμιας ισλαμικής κοινότητας. Κατά τη διάρκεια μιας επίσκεψής του στο Κάιρο, ο Ερντογάν αντιμετωπίστηκε σαν «ροκ σταρ». Με τον τρόπο αυτόν, η Τουρκία κατάφερε να διατηρήσει ίσες αποστάσεις από όλους, να κερδίσει την εμπιστοσύνη τους και να αποκτήσει ερείσματα στη διεθνή κοινότητα.

Η Τουρκία έχει θέσει σε εφαρμογή ένα εκτεταμένο πρόγραμμα εκσυγχρονισμού των ενόπλων δυνάμεών της, που περιλαμβάνει τη ναυπήγηση ενός αμφίβιου πολεμικού σκάφους και ενός ελαφρού αεροπλανοφόρου. Το πρόγραμμα εκσυγχρονισμού υποστηρίζεται από μια ισχυρή και σταθερά αναπτυσσόμενη εγχώρια αμυντική βιομηχανία. Τις τελευταίες δεκαετίες, η Τουρκία επένδυσε συστηματικά στην ανάπτυξη του κλάδου αμυντικής βιομηχανίας, η οποία εμφανίζει σταθερή αύξηση εσόδων και γίνεται όλο και πιο τεχνολογικά εξελιγμένη.